公开资料显示，三名嫌疑人分别为Khalid Sheikh Mohammed（也被称为KSM）、Walid Muhammad Salih Mubarak bin Attash和Mustafa Ahmed Adam al-Hawsawi。KSM是古巴关塔那摩湾监狱最知名的囚犯。关塔那摩监狱是2001年“9·11”恐袭事件发生后，美国军方于2002年在古巴关塔那摩湾海军基地设置的军事监狱。
半岛电视台2024年8月3日报道称，2024年7月31日，关塔那摩湾战争法庭监督员Susan Escallier与三名“9·11”恐袭事件嫌疑人签署了一项认罪协议，三人同意承认共谋罪，以换取终身监禁，而非等待死刑审判。然而，2024年8月2日，美国国防部长劳埃德·奥斯汀宣布撤销该认罪协议，将该案恢复为死刑案件，并解除了Susan Escallier在此案中签订审前协议的权力，表示会亲自承担责任。
如何对“9·11”恐袭嫌疑人绳之以法一直是一个争论的话题。多年来，针对几位嫌疑人的案件在审判前陷入僵局，被告仍被关押在关塔那摩湾。2009年，当时的美国司法部长Eric Holder宣布KSM和其他四人将在曼哈顿的联邦法院接受审判，并承诺寻求死刑。但由于国会议员对将被拘留者转移到美国本土施加限制以及纽约政界人士的反对，这些计划最终被搁置。2013年，Holder曾表示，如果此案按他的提议提交给联邦法院，KSM和他的同伙现在已在死囚区。
另一个争论点是几位嫌疑人遭受的非法酷刑。2024年8月，有报道称，美国国防部在如何处理9·11恐怖袭击主谋及其同谋的问题上存在分歧，导致案件陷入混乱。一些受害者家属希望看到最终的法律清算，但许多障碍可能使这一切变得不可能。辩护律师和一些法律专家认为，无休止的拖延归咎于KSM和他的同案被告在中央情报局拘留期间遭受的非法酷刑。
据报道，“9·11”恐袭被告和其他在押人员在中央情报局关押期间所遭受的虐待最初是为了获取紧急信息，以避免进一步袭击。批评人士质疑乔治·沃克·布什政府所谓的“强化审讯”技术是否曾经提供过防止袭击的信息。关塔那摩的辩护律师J. Wells Dixon指出，当案件进入审判阶段时，有关酷刑的披露非常令人信服。“9·11”案件现在可能比被指控时更难以审判，因为这个案子的一切都被酷刑玷污了。此外，人们还把拖延的主要原因归结于奥巴马政府决定利用二战时期的法律设立特别军事委员会来审判外国被告。
“9·11”恐袭造成近3000人死亡，数千亿美元经济损失，并使美国陷入了长达近20年的阿富汗战争。这一事件至今仍然对人们产生影响。“9·11”恐袭受害者家属团体“9/11 Families United”的代表之一Terry Strada在接受媒体采访时表示，她愿意等待数年，等待正义和“与罪行相适应的惩罚，那将是死刑”。
